Studievereniging Clio kent een vijfkoppig bestuur. Het bestuur bestaat uit de volgende functies: Voorzitter, Secretaris, Penningmeester, commissaris Publicaties & PR en commissaris Bedrijfscontacten. De Voorzitter geeft leiding aan het bestuur, schrijft het algemeen beleid en onderhoudt de externe contacten. De Voorzitter is tevens bestuursafgevaardigde in de Congrescommissie en in de Forumcommissie. De Secretaris is verantwoordelijk voor het ledenbestand, de administratie, de Clio-kamer en de inkomende en uitgaande post en e-mails. De secretaris neemt als bestuursafgevaardigde plaats in de Introductiecommissie en de Forumcommissie. De Penningmeester draagt zorg voor de begroting en houdt het overzicht over de inkomsten en uitgaven van de vereniging. De penningmeester is bestuursafgevaardigde in de Activiteitencommissie en ClioMind. De commissaris Publicaties & PR onderhoudt de website en is verantwoordelijk voor het PR-materiaal. In de Almanakcommissie en de redactie van Checks & Balances neemt de commissaris Publicaties & PR plaats als bestuursafgevaardigde. De commissaris Bedrijfscontacten heeft als taak acquisitie binnen te halen voor de vereniging en onderhoudt dan ook het contact met de bedrijven. De commissaris Bedrijfscontacten is bestuursafgevaardigde in de Alumnicommissie, Carrièrecommissie en het International Research by Students Programme (IRSP).
Het bestuur wisselt ieder jaar in mei van samenstelling.